水とCO₂がつくるO–O結合：氷衛星の過酸化物をchematicで解説
氷衛星の過酸化水素の起源を探る、水とCO₂のクラスター研究を解説。分子を切り替えてO–O結合を探し、真空紫外光のエネルギーを波長に換算できるミニアプリ付き。
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分子を扱う作業の具体例と、chematicの実装・検証について書きます。
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記事一覧
立体配置を保つ分子ファイル変換：chematic v1.1.7
SMILESからMOLへ変換しても、S配置・R配置を引き継ぐ。chematic v1.1.7の硫黄の立体化学と3D構造読み込みの改善を、操作できるスルホキシドの例で紹介します。
分子データの前処理を高速化したchematic v1.1.4
化合物一覧からTPSAとMorganフィンガープリントを計算し、NumPy配列へ渡す実行例。公開版v1.1.3・v1.1.4・RDKit 2026.09.1を同じ2,000構造で測定しました。
硤合反応とは？2026年ノーベル化学賞の不斉増幅をchematicで解説
硤合反応（そあいはんのう／Soai reaction）の仕組みと不斉自己触媒、不斉増幅を解説。R/Sの混合比を動かすシミュレーションとPython実行例で、2026年ノーベル化学賞の研究を学べます。
アレンの軸不斉を保つSMILES変換を、chematic v1.1.3に実装した
アレンの2つの立体異性体を、SMILESの読み込み・正規化・再読み込み後も区別します。RDKit 2026.09.1との比較と、v1.1.3の実行例を紹介します。
SMILESの一括処理で、入力と結果の対応を保つ
元の行番号とSMILESを計算結果に結び付ける設計を、3件の入力例で紹介します。確認や再処理の対象を、そのまま元の表で探せます。
化合物リストからCOOHとCOO⁻の部位を探す
SMILESのCSVをSMARTSで検索し、COOHとCOO⁻に一致する化合物をID付きで整理します。検索式、実行スクリプト、結果の見本を掲載します。
SMILESのCSVを、化合物ID付きのSDFへ変換する
表計算で管理しているSMILESをSDFへ変換します。化合物ID、名前、元のSMILESを保存し、書き出したファイルを読み戻して確認します。
イオンの総電荷を保つEEM計算を、chematic v1.1.3に実装した
OH⁻とNH₄⁺の部分電荷の総和を−1と＋1に保つEEM計算を紹介します。RDKit 2026.09.1との比較結果、v1.1.3の実装、実行スクリプトを掲載します。
SMILESのCSVから、分子式と分子量の一覧を作る
化合物IDを残したまま、CSVの各SMILESから分子式と分子量を計算します。サンプル、Pythonスクリプト、出力CSVを用意しました。
手元のSDF・CSVをアップロードせずにブラウザで調べる
Local Compound Explorerで構造を確認し、分子量で絞り込んでCSVに出力する手順。化合物データの処理は手元の端末で完結します。
発表資料の構造式を、SMILESからSVGで用意する
ブラウザで構造式を描き、SVGを保存してPowerPointへ挿入する手順。アスピリンの実例と、元のSMILESを残す方法を紹介します。
標準化の設定と結果を、元のSMILESと一緒に残す
酢酸ナトリウムの例で、入力、選んだ標準化処理、処理後の構造を対照します。各段階のレポートが、結果の確認や説明に役立ちます。
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