チュートリアル

1. ブラウザのデモを開きます。
2. エタノールを表すSMILES「CCO」を入力して解析します。
3. 構造式と分子式、分子量が対応しているか見比べます。

確認ポイントエタノールの2D構造と分子式、分子量が表示されます。

うまくいかないとき構造が表示されない場合は、入力がSMILESとして正しいか確認してCCOで再試行します。

1. 仮想環境を作り、chematicをインストールします。
2. パッケージを読み込み、CCOを解析します。
3. 分子オブジェクトか性質を1つ表示して呼び出しを確認します。

確認ポイント構造が外部サーバーへ送られず、ノートブック内で分子が返ります。

うまくいかないときインストール前に仮想環境を有効にし、importエラーならパッケージ名を確認します。

1. 検索分子と候補分子を解析します。
2. すべてに同じ種類のフィンガープリントを生成します。
3. Tanimoto類似度を計算して候補を並べ替えます。

確認ポイント同一分子は1.0になり、異なる構造ほど低い値になります。

うまくいかないとき比較前に、すべての分子でフィンガープリントの設定を揃えます。

1. 1行に1つのSMILESを入れたファイルを用意します。
2. 各行を解析し、必要な性質を計算します。
3. 入力値と解析エラーを残したまま結果を書き出します。

確認ポイント入力行ごとに追跡できる結果ができ、失敗した行も確認できます。

うまくいかないとき失敗した行を再試行できるよう、元のSMILESを捨てずに保存します。

1. 小さなバイナリクレートを作り、必要な機能を追加します。
2. main関数で既知のSMILESを1つ解析します。
3. 一括処理の前に、無効な入力へ明確なエラーを返します。

確認ポイント同じ入力に対してローカルで再現可能な結果が出ます。

うまくいかないときコンパイル時間やサイズが気になる場合は必要な機能だけから始めます。

1. バージョンを指定してMCPパッケージをローカルにインストールします。
2. AIクライアントにstdioコマンドを登録します。
3. テスト用SMILESを解析し、構造化データを返すよう依頼します。

確認ポイントホスト型サービスを介さず、AIクライアントから化学ツールを呼び出せます。

うまくいかないときクライアントがローカルプロセスを起動できない場合だけ、ループバックHTTPアダプターを使います。

1. ブラウザの案内またはPlaygroundを開きます。
2. ここにあるアスピリンのSMILESを貼り付けます。
3. 描画を実行し、生成されたSVG構造式を確認します。

確認ポイント拡大しても鮮明な、アスピリンの2D構造式が表示されます。

うまくいかないとき有効で最後まで書かれたSMILESを使います。SVG描画にバックエンドは必要ありません。

1. 既知のSMILESを分子オブジェクトとして解析します。
2. 同じ分子から分子量、LogP、TPSAを計算します。
3. 出力には計算値と元のSMILESを一緒に残します。

確認ポイント同じ解析済み分子に対して、3つの値がローカルで返ります。

うまくいかないとき記述子は計算値です。実測値や臨床予測として扱わないでください。

1. トップページの機能別サンプルを開きます。
2. 分子はアスピリンのまま、SMARTSパターンにC(=O)Oを入力します。
3. 検索を実行し、SVG上で一致部分を確認します。

確認ポイント一致件数が表示され、該当する原子がハイライトされます。

うまくいかないときSMARTSは必ずしも完全な分子ではなく、パターンを表します。まず小さなパターンから始めます。

1. Local Compound Explorerを開きます。
2. コンピュータ上のSDF、CSV、.smiファイルを読み込みます。
3. ローカル結果をフィルタまたは並べ替え、必要な結果を書き出します。

確認ポイント専用の解析バックエンドなしに、ブラウザ内でファイルを扱えます。

うまくいかないとき元ファイルを保存したまま、最初は小さなサンプルでSMILES列やSDFフィールドを確認します。

1. 正しい入力としてCCOを解析します。
2. 未完成のC1CCに置き換えます。
3. 架空の結果ではなく入力エラーが出ることを確認します。

確認ポイント正しい入力では構造式が出て、未完成の構文ではエラーが表示されます。

うまくいかないとき解析エラーは構文の問題であり、化学的な安全性や実験的妥当性の判断ではありません。

1. インタラクティブな機能例を開きます。
2. ECFP4でアスピリンとサリチル酸を比較します。
3. 2つの入力、設定、表示スコアを記録します。

確認ポイント同じ入力とフィンガープリント設定では、同じローカルスコアが返ります。

うまくいかないとき類似度スコアだけで活性、安全性、合成可能性は判断できません。

1. ブラウザで完全なSMILESを1つ解析します。
2. 分子量、LogP、TPSA、HBD、HBA、Lipinskiを読みます。
3. 計算値と正確な入力を一緒に残します。

確認ポイント結果パネルに、解析済み分子の物性指標が表示されます。

うまくいかないときこれは計算指標であり、有効性、安全性、臨床適合性の結論ではありません。

1. smiles列を持つCSVを読み込みます。
2. 各行について計算値またはValueErrorを記録します。
3. 有効な行を絞り込む前に1つのレポートへ書き出します。

確認ポイント空でない入力行ごとに明示したstatusがあります。

うまくいかないときbulk.descriptorsは無効なSMILESをスキップするため、元表と照合するレポートでは先に検査します。

1. 候補SMILESを検査します。
2. 検索分子をローカルリストと比較します。
3. 入力、手法、スコアの順位を残します。

確認ポイント同じ有効な入力なら同じ順位になります。

うまくいかないときbulk APIは無効な要素をスキップするため、生データの行番号との対応が崩れる場合があります。

1. SMARTSパターンを決めます。
2. ローカルリストを並列検索します。
3. パターンと一致SMILESを一緒に保存します。

確認ポイント一致した文字列は入力順のまま残ります。

うまくいかないときこのAPIでは無効なSMILESも不一致になるため、陰性結果を説明するなら先に検査します。

1. バイナリcrateを作ります。
2. 必要な3つの機能を有効にします。
3. CCOを解析して基本記述子を出力します。

確認ポイントCCOではatoms=3、mw=46.07、tpsa=20.23が出力されます。

うまくいかないとき実際の用途に必要な、文書化された最小の機能セットを選びます。

1. ソースリポジトリをcloneします。
2. ローカルstdioへJSON-RPCを送ります。
3. ベンゼンの構造化応答を確認します。

確認ポイントvalid=true、atoms=6、bonds=6、mol_weight=78.114が返ります。

うまくいかないときこれはホスト型MCP URLではなく、ローカルstdioプロセスです。

1. CCOのように完全なSMILESを1つ解析します。
2. 分子式と分子量を出力します。
3. 入力とパッケージ版を出力と一緒に残します。

確認ポイントCCOではC2H6Oと、およそ46.07 g/molの分子量が返ります。

うまくいかないとき分子式だけでは構造を一意に決められず、ここでの分子量は実験測定値ではなく計算値です。

1. HTTPSまたはローカルサーバーから小さなHTMLページを配信します。
2. 版を固定したモジュールスクリプトを貼り付けます。
3. ブラウザコンソールで180.16を確認し、分子オブジェクトを解放します。

確認ポイント固定版モジュールの初期化後、アスピリンでは180.16が表示されます。

うまくいかないとき@latestを使わず、ESモジュール読み込みにfile URLを使わないでください。

1. ローカルMCPプロセスを動かします。
2. name_to_smiles要求を送ります。
3. ローカル解析の前に出典とSMILESを保存します。

確認ポイントアスピリンではPubChem由来の異性体SMILESが返ります。

うまくいかないとき入力をネットワークサービスへ送るMCPツールはこれだけです。

1. ローカルMCPプロセスを動かします。
2. canonical_smiles要求を送ります。
3. 入力、正規化結果、バージョンを一緒に保存します。

確認ポイントネットワーク要求なしに正規化SMILES文字列が応答に入ります。

うまくいかないとき異なるライブラリやリリースの正規化文字列を、検証なしに同じものとして扱わないでください。

1. smiles列のCSVを読みます。
2. 正規化SMILESと行の状態を書き出します。
3. データを削除する前に重複候補を確認します。

確認ポイントCCOとOCCはC(C)Oを共有し、後の行は重複候補として記録されます。

うまくいかないとき正規化文字列は普遍的な同一性の証拠ではありません。元の行とバージョン情報を残します。

1. 元のSMILESは変更せずに残します。
2. 別の比較用値をローカルで標準化します。
3. 記録した方針の範囲だけで照合します。

確認ポイント最大フラグメントで確認すると、酢酸ナトリウムと酢酸はCC(O)=Oになります。

うまくいかないとき提出された塩形や立体情報を、比較用の表現で置き換えないでください。

1. 元の行順でSMILESを読み込みます。
2. acceptedとrejectedを記録します。
3. 次の処理の前にinput_indexを元行へ対応付けます。

確認ポイントCCOとOCCはacceptedになり、不完全なC1CCはinput_index 1でrejectedのままです。

うまくいかないとき構文のacceptedは、物質同一性、塩の方針、安全性、実験的妥当性を証明しません。

1. 完全なSMILESを1つローカル解析します。
2. SVG描画をUTF-8テキストで書き出します。
3. 入力とパッケージ版を成果物と一緒に残します。

確認ポイントaspirin.svgは拡大できる2D構造式として開けます。

うまくいかないときSVG描画は物質同一性、立体化学、安全性、実験的妥当性の証明ではありません。

1. 反応物>>生成物形式の反応SMILESを用意します。
2. SVG反応図をUTF-8テキストで書き出します。
3. 反応SMILESとパッケージ版を成果物と一緒に残します。

確認ポイントesterification.svgは反応物、矢印、生成物を含む反応図として開けます。

うまくいかないとき反応SVGは原子マッピング、収支、条件、収率、物質同一性、安全性、実験的妥当性の証明ではありません。

1. 完全なSMILESを1つローカル解析します。
2. 構造名と元SMILESをプロパティに設定します。
3. SDFレコードを1つ書き出して確認します。

確認ポイントethanol.sdfにはエタノール、source_smiles: CCO、$$$$終端が入ります。

うまくいかないときSDFレコードと自動生成した2D座標は、物質同一性、試料の由来、安全性、実験的妥当性の証明ではありません。

1. CSVからnameとsmilesを読みます。
2. 元行プロパティを入れた有効なレコードを書き出します。
3. 無効な行はCSVレポートに残します。

確認ポイント有効な行はSDFになり、C1CCはレポートでinvalid_smilesとして残ります。

うまくいかないときSDF出力は物質同一性、試料の由来、安全性、実験的妥当性の証明ではありません。