博客 — chematic

动手理解化学2026年10月18日

解读水与CO₂团簇形成过氧化物的研究。通过交互分子图寻找O–O键，将真空紫外光的光子能量换算为波长，理解冰卫星上的化学过程。

v1.1.7 新功能2026年10月18日

从 SMILES 转换为 MOL，保留 S、R 构型。通过可操作的亚砜示例，了解 chematic v1.1.7 对硫原子立体化学和三维结构读取的改进。

v1.1.4 新功能2026年10月15日

从化合物列表计算 TPSA 和 Morgan 指纹，并直接生成 NumPy 数组。使用相同的 2,000 个结构比较公开发布的 chematic 1.1.3、1.1.4 与 RDKit 2026.09.1。

动手学化学2026年10月15日

解释硤合反应（Soai reaction）的原理、不对称自催化和对映体过量值ee。在交互模型中调整R/S比例，结合chematic的Python示例理解不对称放大。

v1.1.3 新功能2026年10月13日

在 SMILES 读取、规范化输出和再次读取后，仍区分两种丙二烯型立体异构体。提供与 RDKit 2026.09.1 的比较和 v1.1.3 运行示例。

从使用场景看设计2026年10月13日

用三条记录说明 chematic 如何将输入序号、原始 SMILES 与处理结果放在一起，便于核对和重新处理。

研究工作流程2026年10月13日

用两个明确的 SMARTS 查询搜索 SMILES CSV，将匹配结果与化合物 ID 一起保存。提供样例、Python 脚本和已核对的输出。

研究工作流程2026年10月13日

将表格中的 SMILES 导出为 SDF，保留化合物 ID、名称和原始 SMILES。提供脚本、样例文件以及读回检查步骤。

v1.1.3 新功能2026年10月13日

在 chematic v1.1.3 中，OH⁻ 与 NH₄⁺ 的 EEM 部分电荷总和分别为 −1 和 +1。提供与 RDKit 2026.09.1 的同坐标比较、实现和运行脚本。

研究工作流程2026年10月13日

保留化合物 ID，为每个 SMILES 计算分子式和分子量。提供示例数据、Python 脚本与输出 CSV。

实际用法2026年10月13日

用 Local Compound Explorer 检查结构、按分子量筛选并导出 CSV。化合物数据在自己的设备上处理。

研究工作流程2026年10月13日

绘制结构、保存 SVG，再插入 PowerPoint。用阿司匹林示例说明如何同时保留图片与原始 SMILES。

从使用场景看设计2026年10月13日

以醋酸钠为例，通过逐阶段报告，将输入结构、所选转换和处理后的表示关联起来。

博客