面向 AI 代理的 chematic

chematic-mcp 通过 Model Context Protocol 向 AI 代理公开 20 个化学工具：结构解析与规范化、理化性质计算、类药性规则检查、指纹与相似度计算、SMARTS 模式匹配、3D 坐标生成，以及逆合成断键建议等。每个工具都以结构化的 JSON 作为输入输出，因此代理无需从自然语言中解析化学信息。

能做什么，不能做什么

这不是托管服务，而是一个在本地运行的进程。唯一支持的传输方式是 stdio，没有远程 HTTP 端点，没有身份验证，也没有公开的 SLA。如果希望让代理使用这些化学工具，需要在自己的机器上启动该进程。

在这 20 个工具中，只有 name_to_smiles（向 PubChem 查询名称到 SMILES 的转换）会发起网络请求。其余 19 个工具全部为纯本地计算。

目前不支持：

远程 HTTP / Streamable HTTP
身份验证 / OAuth
Tasks 扩展
MCP Apps
Resources、Prompts、Sampling、Roots、Logging、Subscriptions

安装

chematic-mcp 尚未发布到 crates.io。请克隆仓库，并在工作区内运行它 —— 目前还没有类似 cargo install chematic-mcp 的捷径。

git clone https://github.com/kent-tokyo/chematic
cd chematic
cargo run -p chematic-mcp --release

添加到 MCP 客户端

对于 Claude Desktop 或 Claude Code，请在客户端配置中指向同一条命令：

{
  "mcpServers": {
    "chematic": {
      "command": "cargo",
      "args": ["run", "-p", "chematic-mcp", "--release", "--quiet"]
    }
  }
}

可用工具（20 个）

`name_to_smiles`	`parse_smiles`
`canonical_smiles`	`calc_properties`
`lipinski_check`	`sa_score`
`pains_check`	`brenk_check`
`admet_profile`	`boiled_egg`
`ecfp4`	`tanimoto`
`smarts_match`	`find_mcs`
`generate_3d`	`retrosynthesis`
`smiles_to_moljson`	`moljson_to_smiles`
`representation_router`	`molecule_context_pack`

关于缓存

只要进程持续运行，工具列表就是固定的。tools/list 的结果带有 24 小时的缓存提示。工具列表只会在 chematic-mcp 发布新版本时发生变化 —— 重启服务器后，无论客户端的缓存 TTL 如何，都会返回最新的工具列表。

关于旧版协议与新版协议（2026-07-28）的双协议支持等详细规范，请参阅crate 的 README。