AIエージェント向けchematic

chematic-mcpは、Model Context Protocol経由で20個の化学ツールをAIエージェントに公開します。構造の解析・正規化、物理化学的性質の計算、ドラッグライクネスのルールチェック、フィンガープリントと類似度計算、SMARTSパターンマッチング、3D座標生成、逆合成の切断候補の提示などです。各ツールは構造化されたJSONを入出力とするため、エージェントが自然文から化学情報を読み取る必要はありません。

インストール

Published to crates.io; install with cargo install chematic-mcp --version 1.1.2.

cargo install chematic-mcp --version 1.1.2

MCPクライアントへの追加

Claude DesktopやClaude Codeでは、ローカルstdioコマンドをクライアント設定から指定します。

{
  "mcpServers": {
    "chematic": {
      "command": "chematic-mcp",
      "args": []
    }
  }
}

接続方法を選ぶ

まずローカルで始め、必要な場合だけHTTPを使う

どちらも自分で管理する環境で動作し、同じツールと構造化された結果を利用できます。

ローカルstdio

ローカルプロセスを起動できるデスクトップクライアントやコーディングツール向けです。設定が最も短く、既定の方法でもあります。

chematic-mcp

自己ホストするStreamable HTTP

クライアントが子プロセスを起動できない場合に使います。自分のマシンでアダプターを起動し、下記のエンドポイントで新しいステートレスMCP方式を提供します。

chematic-mcp --transport streamable-http

http://127.0.0.1:3000/mcp
2026-07-28 stateless MCP only

ローカルで完結する範囲

name_to_smiles is the only tool of the 20 that makes a network call (PubChem, name → SMILES lookup). The other 19 are pure local computation.

これは自分で起動するソフトウェアであり、管理された化学APIではありません。ホスト型エンドポイントや公開SLAは提供していません。

現時点で未対応の項目

Hosted Remote MCP endpoint
Authentication / OAuth
Legacy MCP dialect or sessions over HTTP
Tasks extension
MCP Apps
Resources, Prompts, Sampling, Roots, Logging, Subscriptions

利用可能なツール（20個）

`name_to_smiles`	`parse_smiles`
`canonical_smiles`	`calc_properties`
`lipinski_check`	`sa_score`
`pains_check`	`brenk_check`
`admet_profile`	`boiled_egg`
`ecfp4`	`tanimoto`
`smarts_match`	`find_mcs`
`generate_3d`	`retrosynthesis`
`smiles_to_moljson`	`moljson_to_smiles`
`representation_router`	`molecule_context_pack`

キャッシュについて

ツールの一覧は、1つのプロセスが稼働している間は固定です。tools/listの結果には24時間のキャッシュヒントが付与されます。ツール一覧が変わるのはchematic-mcpの新しいリリースのタイミングのみで、サーバーを再起動すればクライアント側のキャッシュTTLに関わらず常に最新の一覧が返されます。

レガシー方式と新方式（2026-07-28）のデュアルプロトコル対応など詳細な仕様はcrateのREADMEを参照してください。