AIエージェント向けchematic

chematic-mcpは、Model Context Protocol経由で20個の化学ツールをAIエージェントに公開します。構造の解析・正規化、物理化学的性質の計算、ドラッグライクネスのルールチェック、フィンガープリントと類似度計算、SMARTSパターンマッチング、3D座標生成、逆合成の切断候補の提示などです。各ツールは構造化されたJSONを入出力とするため、エージェントが自然文から化学情報を読み取る必要はありません。

できること・できないこと

これはホスト型サービスではなく、ローカルで動作するプロセスです。対応するトランスポートはstdioのみで、リモートのHTTPエンドポイントも認証機能も、公開SLAもありません。エージェントに化学ツールを使わせたい場合は、自分のマシン上でこのプロセスを起動して使う形になります。

20個のツールのうち、ネットワーク通信を行うのはname_to_smiles（PubChemへの名称→SMILES変換の問い合わせ）だけです。残り19個はすべてローカル計算のみで完結します。

現時点で未対応の項目:

リモートHTTP / Streamable HTTP
認証 / OAuth
Tasks拡張
MCP Apps
Resources、Prompts、Sampling、Roots、Logging、Subscriptions

インストール

chematic-mcpはcrates.ioには公開されていません。リポジトリをクローンし、ワークスペース内から実行してください。cargo install chematic-mcpのような近道は現時点では存在しません。

git clone https://github.com/kent-tokyo/chematic
cd chematic
cargo run -p chematic-mcp --release

MCPクライアントへの追加

Claude DesktopやClaude Codeの場合、同じコマンドをクライアント設定から指定します。

{
  "mcpServers": {
    "chematic": {
      "command": "cargo",
      "args": ["run", "-p", "chematic-mcp", "--release", "--quiet"]
    }
  }
}

利用可能なツール（20個）

`name_to_smiles`	`parse_smiles`
`canonical_smiles`	`calc_properties`
`lipinski_check`	`sa_score`
`pains_check`	`brenk_check`
`admet_profile`	`boiled_egg`
`ecfp4`	`tanimoto`
`smarts_match`	`find_mcs`
`generate_3d`	`retrosynthesis`
`smiles_to_moljson`	`moljson_to_smiles`
`representation_router`	`molecule_context_pack`

キャッシュについて

ツールの一覧は、1つのプロセスが稼働している間は固定です。tools/listの結果には24時間のキャッシュヒントが付与されます。ツール一覧が変わるのはchematic-mcpの新しいリリースのタイミングのみで、サーバーを再起動すればクライアント側のキャッシュTTLに関わらず常に最新の一覧が返されます。

レガシー方式と新方式（2026-07-28）のデュアルプロトコル対応など詳細な仕様はcrateのREADMEを参照してください。