教程

1. 打开浏览器演示。
2. 输入乙醇的 SMILES：CCO，然后运行分析。
3. 对照结构图、分子式和分子量。

检查结果页面会显示乙醇的 2D 结构和性质数值。

遇到问题时如果结构为空，请检查 SMILES，并再次尝试 CCO。

1. 创建虚拟环境并安装 chematic。
2. 导入软件包并解析 CCO。
3. 打印分子对象或一个性质，确认调用完成。

检查结果分子对象在 notebook 中返回，不需要将结构发送到外部服务器。

遇到问题时安装前先激活虚拟环境；如果无法导入，请检查软件包名称。

1. 解析查询分子和两个候选分子。
2. 为所有分子生成同一种指纹。
3. 计算 Tanimoto 相似度并排序候选。

检查结果相同分子的得分为 1.0；结构差异越大，得分通常越低。

遇到问题时比较前请确保所有分子使用相同的指纹设置。

1. 准备每行一个 SMILES 的文件。
2. 解析每一行并计算所需性质。
3. 保留原始输入和解析错误后写出结果。

检查结果每个输入行都有可追踪的结果，失败的行也可以检查。

遇到问题时不要丢弃原始字符串，这样可以轻松检查并重试失败的行。

1. 创建小型二进制 crate 并加入所需功能。
2. 在 main 中解析一个已知 SMILES。
3. 在添加批处理前，为无效输入返回清晰的错误。

检查结果程序可以在本地构建，并对相同输入产生可重复的结果。

遇到问题时如果编译时间或二进制大小重要，可以先只启用需要的功能。

1. 在本地安装指定版本的 MCP 软件包。
2. 在 AI 客户端中注册 stdio 命令。
3. 请求客户端解析测试 SMILES 并检查结构化数据。

检查结果客户端可以调用化学工具并接收结构化响应，无需托管服务。

遇到问题时只有客户端无法启动本地进程时才使用回环 HTTP 适配器。

1. 打开浏览器指南或 Playground。
2. 粘贴这里给出的阿司匹林 SMILES。
3. 运行绘制并检查生成的 SVG 结构。

检查结果应显示放大后仍清晰的阿司匹林 2D 结构。

遇到问题时请使用完整且有效的 SMILES；SVG 绘制不需要后端。

1. 将已知 SMILES 解析为分子对象。
2. 从同一个分子计算分子量、LogP 和 TPSA。
3. 在输出中保留输入 SMILES 和计算值。

检查结果三个值都会针对同一个已解析分子在本地返回。

遇到问题时描述符是计算值，不应视为实验测量或临床预测。

1. 打开首页的功能示例。
2. 保留阿司匹林作为分子，并输入 SMARTS 模式 C(=O)O。
3. 运行搜索并检查 SVG 中的匹配。

检查结果结果会报告匹配并高亮相应原子。

遇到问题时SMARTS 表示模式，不一定是完整分子；先从小模式开始。

1. 打开 Local Compound Explorer。
2. 从电脑载入 SDF、CSV 或 .smi 文件。
3. 筛选或排序本地结果，再导出所需结果。

检查结果文件可在浏览器中处理，不需要专用分析后端。

遇到问题时保留源文件，并先用小样本确认 SMILES 列或 SDF 字段。

1. 先解析有效输入 CCO。
2. 替换为不完整的 C1CC。
3. 确认页面显示输入错误，而不是虚构结果。

检查结果有效输入会显示结构，不完整语法会显示错误。

遇到问题时解析错误表示语法问题，并不是对化学安全性或实验有效性的判断。

1. 打开交互式功能示例。
2. 使用 ECFP4 比较阿司匹林和水杨酸。
3. 记录两个输入、设置和显示分数。

检查结果相同输入和指纹设置会得到相同的本地分数。

遇到问题时相似度分数不能单独判断活性、安全性或合成可行性。

1. 在浏览器中分析一个完整 SMILES。
2. 读取分子量、LogP、TPSA、HBD、HBA 和 Lipinski。
3. 将计算值与准确输入一同保留。

检查结果结果面板会显示已解析分子的性质指标。

遇到问题时这些是计算指标，并不是对有效性、安全性或临床适用性的结论。

1. 读取带有 smiles 列的 CSV。
2. 为每一行记录数值或 ValueError。
3. 在筛选有效行前写出一个完整报告。

检查结果每个非空输入行都有明确的 status。

遇到问题时bulk.descriptors 会跳过无效 SMILES，因此要先验证与源表核对的报告。

1. 验证候选 SMILES。
2. 将一个查询与本地列表比较。
3. 保留输入、方法和排序分数。

检查结果同样的有效输入会得到同样的排序。

遇到问题时bulk API 会跳过无效条目，可能破坏与原始数据行号的对应。

1. 选择 SMARTS 模式。
2. 并行筛选本地列表。
3. 将模式和命中 SMILES 一起保存。

检查结果匹配字符串保持原始输入顺序。

遇到问题时该 API 会将无效 SMILES 视为未匹配；需要解释阴性时请先验证。

1. 创建二进制 crate。
2. 启用三个必需功能。
3. 解析 CCO 并输出基本描述符。

检查结果CCO 会输出 atoms=3、mw=46.07 和 tpsa=20.23。

遇到问题时请为实际工作流选择有文档说明的最小功能集。

1. 克隆源代码仓库。
2. 通过本地 stdio 发送 JSON-RPC。
3. 确认苯的结构化响应。

检查结果响应包含 valid=true、atoms=6、bonds=6 和 mol_weight=78.114。

遇到问题时这是本地 stdio 进程，不是托管 MCP URL。

1. 解析 CCO 等一个完整 SMILES。
2. 输出分子式和分子量。
3. 将输入和软件包版本与输出一起保留。

检查结果CCO 返回 C2H6O 和约 46.07 g/mol 的分子量。

遇到问题时分子式不能唯一识别结构，此处的分子量是计算值而不是实验测量值。

1. 通过 HTTPS 或本地服务器提供一个小型 HTML 页面。
2. 粘贴固定版本的模块脚本。
3. 在浏览器控制台中确认 180.16，然后释放分子对象。

检查结果固定版本模块初始化后，阿司匹林会输出 180.16。

遇到问题时不要使用 @latest，也不要依赖 file URL 加载 ES 模块。

1. 运行本地 MCP 进程。
2. 发送 name_to_smiles 请求。
3. 在本地分析前保留来源和 SMILES。

检查结果阿司匹林会返回带 PubChem 来源的异构 SMILES。

遇到问题时这是唯一会将输入发送到网络服务的 MCP 工具。

1. 运行本地 MCP 进程。
2. 发送 canonical_smiles 请求。
3. 将输入、规范结果和版本一起保存。

检查结果响应中包含规范 SMILES 字符串，且没有网络请求。

遇到问题时未经验证时，不要把不同库或发布版本的规范字符串视为可互换。

1. 读取带 smiles 列的 CSV。
2. 写出规范 SMILES 和行状态。
3. 在删除数据前检查重复候选。

检查结果CCO 和 OCC 都得到 C(C)O，后一个行会作为重复候选标记。

遇到问题时规范字符串不是通用身份的证据；保留原始行和版本信息。

1. 保持源 SMILES 不变。
2. 在本地标准化独立的复核值。
3. 仅在已记录策略的范围内比较。

检查结果用最大片段复核时，醋酸钠和醋酸都会得到 CC(O)=O。

遇到问题时不要用复核表示取代提交的盐形式或立体化学记录。

1. 按源行顺序加载 SMILES。
2. 记录 accepted 和 rejected 结果。
3. 在下一工作流前将 input_index 映射回源行。

检查结果CCO 和 OCC 会 accepted；未完成的 C1CC 在 input_index 1 仍为 rejected。

遇到问题时语法 accepted 不能证明化学身份、盐策略、安全性或实验有效性。

1. 在本地解析一个完整 SMILES。
2. 将 SVG 描绘写为 UTF-8 文本。
3. 将输入和软件包版本与成果物一起保留。

检查结果aspirin.svg 可作为可缩放的二维结构图打开。

遇到问题时SVG 描绘不能证明化学身份、立体化学、安全性或实验有效性。

1. 准备反应物>>产物形式的反应 SMILES。
2. 将 SVG 反应图写为 UTF-8 文本。
3. 将反应 SMILES 和软件包版本与成果物一同保留。

检查结果esterification.svg 可作为含反应物、箭头和产物的反应图打开。

遇到问题时反应 SVG 不能证明原子映射、收支、条件、收率、化学身份、安全性或实验有效性。

1. 在本地解析一个完整 SMILES。
2. 将记录名称和源 SMILES 设为属性。
3. 写出并检查一条 SDF 记录。

检查结果ethanol.sdf 包含乙醇、source_smiles: CCO 和 $$$$ 终止符。

遇到问题时SDF 记录和自动生成的二维坐标不能证明化学身份、材料来源、安全性或实验有效性。

1. 从 CSV 读取 name 和 smiles。
2. 写出带源行属性的有效记录。
3. 将无效行保留在 CSV 报告中。

检查结果有效行会写入 SDF，C1CC 会在报告中保留为 invalid_smiles。

遇到问题时SDF 输出不能证明化学身份、材料来源、安全性或实验有效性。