Beta

chematic for Python

chematicのPythonパッケージは、Rust crateやWebAssembly版と同じRustコアの上に構築されています。 Jupyterノートブック、pandasのDataFrame、構造式ファイルのディレクトリに対するバッチ処理など、 Pythonユーザーが既に慣れている利用形態を対象に、RDKitと同様の挙動をする操作のサブセットを提供します。RDKitの完全な置き換えではありません — 高度な反応処理、フルの3Dツールキット、多くのプラグインなど、RDKitの機能の一部は実装されていません。

インストール

pip install chematic

バージョン1.0.13がPyPIで公開されており、分類はBeta、対応するPythonバージョンは3.9–3.13です。動作するチュートリアルはリポジトリ内のクイックスタートノートブックにあります。

Jupyterとノートブック

典型的な流れは、構造を解析し、内容を確認し、インラインで描画することです。

import chematic

mol = chematic.parse_smiles("CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O")
mol.canonical_smiles()
mol.molecular_weight()
mol.depict_svg()

これはAPIの雰囲気を示す例であり、将来にわたって安定して動作することを保証するサンプルコードではありません。依存する前にAPIリファレンスで正確なメソッド名を確認してください。

pandasとバッチ解析

DataFrameのSMILES列をスクリーニングしたり、SDFファイルのディレクトリを走査したりする場合、 chematicの記述子計算やフィンガープリント計算はサーバーやデータベースを必要としない純粋なPython関数です。ブラウザ版やRust版と同じロジックを、バッチスクリプトとノートブックのセルの両方から呼び出せます。

「RDKit互換のサブセット」とは

物理化学的コア記述子（分子量、LogP、TPSA、水素結合ドナー/アクセプター数、芳香環数）は、 4,999分子のChEMBLコーパスにおいてRDKitと100%一致しています。

一方で、Kappa形状指数、BertzCT、BalabanJ、BCUT2D、VSA記述子群、MQN、SA Scoreなどの拡張記述子群は、コーパス規模で検証するとRDKitの値から大きく乖離します。Mol.descriptors()は合計194個の値を返しますが、これには検証済みのコアと上記の拡張記述子群の両方が含まれるため、「194個の記述子」と「194個の検証済み記述子」は同じ主張ではありません。詳細な内訳と検証方法は検証ページを参照してください。