課題別チュートリアル
Pythonで反応SMILESをSVG反応図へ書き出す
反応SMILESの記録から、正確な元文字列を残したまま拡大可能な反応図をローカルで作ります。
作るもの
明示した1つの反応SMILESからローカルで作るesterification.svg反応図。
手順
- 反応物>>生成物形式の反応SMILESを1つ用意します。
- chematic.reaction_svgでSVG文字列を生成し、UTF-8テキストとして書き出します。
- ブラウザやベクターエディタでファイルを開き、正確な反応SMILESとパッケージ版を成果物と一緒に残します。
from pathlib import Path
import chematic
reaction_smiles = "CC(=O)O.CCO>>CC(=O)OCC.O"
svg = chematic.reaction_svg(reaction_smiles)
Path("esterification.svg").write_text(svg, encoding="utf-8")
print({"reaction_smiles": reaction_smiles, "file": "esterification.svg"})期待する結果
esterification.svgはSVGマークアップで始まり、反応物、矢印、生成物を含む反応図として開けます。出力した記録には正確な反応SMILESとファイル名が残ります。
うまくいかないとき
解析に失敗したら、成果物を書き出す前に反応SMILESを修正します。反応図は原子マッピング、収支、条件、収率、物質同一性、安全性、実験的妥当性を証明するものではありません。